Vers l'ère moderne

Les Américains partis, se pose la question de rapatrier du Maroc devenu indépendant les écoles de l'armée de l'Air. La Défense propose que la 92° escadre de bombardement, basée à Cognac, et le Centre d'instruction au bombardement soient déplacés à Mérignac. Ces unités sont composées de Vautour. Les besoins exprimés par les militaires sont importants en termes d'activité, 150 mouvemùents par jour en pointe, en termes de procédures de circulation aérienne particulières, de priorité à l'atterrissage (autonomie limitée), d'équipements de bord différents des civils, tant pour la navigation que pour les radiocommunications, et de surfaces de parkings. Les aires bétonnées des Américains feraient l'affaire, mais elles sont en zone réservée à l'exploitation commerciale de l'aéroport.La 92° s'installera à la place des Américains, et ne devra pas réaliser d'installations nouvelles, cette affectation restant provisoire. Ce qui va durer une trentaine d'années. L'aéroport va recevoir des équipements spécifiques à l'armée de l'air, les procédures de circulation aérienne vont être modifiées et des contrôleurs militaires affectés à la tour de contrôle en plus des civils. 

Le 8 novembre 1959 est inaugurée l'aérogare dessinée par Raymond Mothe qui a intégré également dans son projet architectural le bloc technique: outre la tour de contrôle, celui-ci héberge les services de la météo et le centre de contrôle régional.