L'Alsace est une région très urbanisée et intensivement cultivée. De nombreux habitats y sont devenus semi-naturels mais abritent encore une biodiversité significative. Le Conservatoire des sites, la DIREN (devenue DREAL) et les collectivités travaillent depuis les années 1990 à la restauration d'une trame verte (devenue trame verte et bleue, puis traduite à la suite du Grenelle de l'environnement et des lois Grenelle en un Schéma régional de cohérence écologique (SCRE), et au suivi d'indicateurs de la biodiversité.
Dans les années 2000, à cause de la périurbanisation, la région perd annuellement 625 ha/an de terres, ce qui contribue à l'artificialisation du paysage et à sa fragmentation écologique, 35% des espèces et 75% des habitants sont menacés malgré 2,5 M€ attribués à 70 actions (à la date d'octobre 2012) en faveur de la restauration écologique de la biodiversité, soutenue par la région, avec l'aide des conseils généraux, communes, de l'Agence de l'eau. Trois réserves naturelles régionales ont été créées en 2012 (Réserve naturelle de la Colline du Bastberg à Bouxwiller, réserve naturelle de la forêt Hartwald à Heiteren, Réserve naturelle du Marais et landes du Rothmoos à Wittelsheim). Un appel à projet de 2012 intitulé "Trame verte en milieu urbanisé" soutient 5 projets de renaturation (quartier Bourgfelden de Saint-Louis, parc écologique de Staffelfelden, parc de détente familiale à Wittenheim, Zac des Portes de l'Ackerland à Ittenheim et aménagement du secteur des Binsen à Oberhoffen-sur-Moder).
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