Sur 43% de son territoire régional, soit 705 000 ha, on trouve de grandes forêts de hêtres, de chênes et de sapins dont certains peuvent se dresser jusqu'à 50 mètres. L'épicéa commun et le sapin blanc sont les arbres emblématiques du massif du Jura et leurs massifs résineux en font la plus grande sapinière européenne. La Franche-Comté est la deuxième région la plus boisée de France, derrière l'Aquitaine, dont (44,8%) de la surface est couverte. Avec plus de 700 000 hectares de forêt, elle est la plus grande sapinière d'Europe, et possède aussi la seconde forêt de feuillus de France sur 22 000 ha, la forêt de Chaux.
Deux grands types d'écosystèmes dominent en Franche-Comté, forestiers et des lacs/étangs/tourbières qui offrent un refuge à une biodiversité élevée, dont de nombreux oiseaux, cerfs, sangliers, écureuils, chats sauvages. Le Grand Tétras, le milan royal, le lynx et enfin le retour du chamois sont emblématiques de la protection et de la restauration des habitats naturels dans la région. Certaines parties du territoire sont parfois confrontées au pullulement de campagnols des champs.
La fragmentation forestière et le morcellement écologique des milieux y sont moindres que dans d'autres régions, mais y existent. Pour la réduire et en réduire les effets, en février 2011, la Région, avec la DREAL a commencé à élaborer son SRCE, dans le cadre de sa Trame verte et bleue, avec un "comité de préfiguration des comités régionaux "trames verte et bleue" (Instance de proposition auprès de l'Etat et de la Région, coélaborateurs du SRCE.
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