Le territoire régional abrite trois parcs naturels régionaux: la Brenne, Loire-Anjou-Touraine et le Perche. Au-delà des images de grandes étendues de blé, le Centre-Val de Loire dispose d'une grande diversité de paysages et de milieux naturels: forêts, étangs, pelouses calcaires sèches, landes, tourbières, et la Loire et ses bancs de sables et forêts alluviales.
23% du territoire régional, soit 900 000 hectares, est couvert par les forêts et les autres boisements, principalement la forêt d'Orléans, la Sologne et l'est de la forêt du Perche. Les forêts sont en très grande majorité privées (85%). La juxtaposition de milieux fermés et ouverts favorise une grande diversité biologique, depuis les grands mammifères comme le cerf élaphe, le chevreuil, le sanglier, les oiseaux des bois comme l'engoulevent d'Europe, le pic noir et le pic cendré.
De plus, la région accueille de 5% des zones humides connues sur le territoire national concentrées surtout en Brenne avec ses mille trois cents étangs et en Sologne avec ses trois mille étangs. Ces zones humides recèlent une grande diversité d'insectes et constituent une ressource importante pour les nombreuses espèces des cinq classes de vertébrés. Au cours des dix dernières années, plus de 10% des zones de marais ou de tourbières ont néanmoins disparu.
Les aménagements fluviaux perturbent la dynamique fluviale avec à terme une disparition des zones humides et des vallées alluviales. Les zones d'extraction de granulats ont augmenté par exemple de 30% en dix ans (16% au niveau national). Cette disparition entraîne la réduction de la biodiversité de la région. Les peuplements piscicoles reflètent la dégradation du milieu aquatique et restent majoritairement (61%) perturbés ou dégradés.
La région abrite la plus grande forêt domaniale de France, la forêt d'Orléans qui s'étend sur plus de 35 000 ha au nord de la Loire et d'Orléans. La forêt accueille depuis les années 1980 la nidification du ballbuzard pêcheur, marquant le retour du rapace en France après des décennies de déclin. Disparu du territoire métropolitain au cours du XIXe siècle, le rapace avait trouvé un dernier refuge en Corse où il ne subsistait que tros couples en 1974.
La région est écologiquement très fragmentée. En 2010, la DREAL et la région ont lancé l'élaboration du SCRE (Schéma régional de cohérence écologique visant à restaurer dans la région un réseau écologique plus fonctionnel. En 2001, une première cartographie de la trame verte et bleue et des milieux naturels a été réalisée qui permettra de préparer le SRCE, traduction administrative du projet de Trame verte et bleue européenne (Réseau écologique paneuropéen, nationale et régionale pour les six départements de cette région, dans le cadre de la loi Grenelle II et de la nouvelle Stratégie nationale pour la biodiversité (2010-2011).
La région abrite la plus grande forêt domaniale de France, la forêt d'Orléans qui s'étend sur plus de 35 000 ha au nord de la Loire et d'Orléans. La forêt accueille depuis les années 1980 la nidification du ballbuzard pêcheur, marquant le retour du rapace en France après des décennies de déclin. Disparu du territoire métropolitain au cours du XIXe siècle, le rapace avait trouvé un dernier refuge en Corse où il ne subsistait que tros couples en 1974.
La région est écologiquement très fragmentée. En 2010, la DREAL et la région ont lancé l'élaboration du SCRE (Schéma régional de cohérence écologique visant à restaurer dans la région un réseau écologique plus fonctionnel. En 2001, une première cartographie de la trame verte et bleue et des milieux naturels a été réalisée qui permettra de préparer le SRCE, traduction administrative du projet de Trame verte et bleue européenne (Réseau écologique paneuropéen, nationale et régionale pour les six départements de cette région, dans le cadre de la loi Grenelle II et de la nouvelle Stratégie nationale pour la biodiversité (2010-2011).
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